北京市自1998年住房制度改革以来，相继推行了经济适用房制度和廉租房制度，初步建立了以经济适用房和廉租房为主体的住房保障体系，但在运行中，也暴露出一些矛盾和问题。
从总体上看，供应不足已成为当前住房保障体系的突出问题。近年来，随着住房市场化的推进、土地供应政策的调整、征地拆迁难度的加大，经济适用住房成本价格倒挂，供给比例逐年下降。而廉租房总体覆盖面还很窄，覆盖人群只占到北京市城镇家庭总数的2%，且实物配租比例较低，截止到目前，只有一个实物配租项目安排了359户家庭。
其次是运行过程中凸显的管理问题，这在经济适用房制度的运行中体现得较为突出。
由于准入标准简单化、供应对象过于宽泛，经济适用房制度很难保证那些最需要解决住房问题的中低收入家庭的优先权；在个人信用体系和住房档案不健全的情况下，资格审核容易流于形式，出现了骗购、转让获利等现象，使经济适用房制度的公平性受到质疑；由于退出机制的缺位，一方面使政府投入大量财力物力兴建的保障性住房不能持续发挥保障功能，另一方面还导致了经济适用房“商品化”，一些经济适用房再上市交易，其投资回报率甚至比商品房还高；另外，经济适用房项目建筑标准偏高的现象也比较普遍。
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